一、反弹道导弹
反弹道导弹用来拦截来袭的导弹。装填了反弹道导弹的发射架只能在空中有来袭导弹的时候启动并对最近的导弹发射拦截导弹，直到空中不再有导弹来袭。有些导弹需要多枚反弹道导弹才能摧毁。
二、自动索敌导弹FOF
FOF（敌我识别）导弹比标准导弹的伤害低，但是他们能在不锁定目标的情况下发射并自动打击敌对目标。
三、射程
计算导弹的射程十分简单：每种导弹都有以米/秒来计量的最高飞行速度，以及用秒来计量的最大飞行时间。两者相乘即可算出导弹的最远射程是多少米。
导弹的最高飞行速度可以通过学习导弹动力学missile projection以及某些船只的加成来提高。导弹飞行时间可以通过学习导弹打击理论missile bombardment以及某些船只的加成来提高。
火箭： 超短距，4500米（无加成）
轻型导弹：短距，18750米（无加成）
重型导弹：中距，37500米（无加成）
巡航导弹：远距，75000米（无加成）
鱼雷： 中距，37500米（无加成）
尽管导弹飞行速度很快，它仍然无法立即击中目标（舰炮的炮弹会立即击中目标），而且导弹飞行过程中目标也在移动，因此在导弹飞行过程中目标距离会发生变化，你的鱼雷即使在近距离发射也可能会追不上拦截机这类高速舰船。
四、爆炸半径
每种导弹都有一定的爆炸半径，每种目标也有一个被动信号强度半径。
如果目标的被动信号强度半径大于等于导弹的爆炸半径，导弹将造成最大伤害（伤害还会受到速度因素影响，下一节会讲到）。如果目标的被动信号强度半径小于导弹的爆炸半径，伤害将减小。
换句话说：大型导弹对小船造成的伤害比它对大船造成的伤害低，小型导弹对小船和对大船造成的伤害差不多。因此鱼雷可能对战列舰造成巨大伤害却对护卫舰伤害轻微。火箭对护卫舰能造成很不错的伤害，它对战列舰也造成一样的伤害，只是这种伤害可能很难和战列舰的防护相抗衡。
爆炸半径： 被动信号强度半径：
鱼雷400米 战列舰400米
巡航导弹300米 巡洋舰125米
重型导弹150米 护卫舰40米
轻型导弹50米
火箭20米
轻型，重型和巡航导弹的爆炸半径可以通过学习制导导弹精确打击理论guided missile precision来降低，也可以使用目标标记装置target painter来提高目标的被动信号强度半径。
五、爆炸速度
每种导弹都有一定的爆炸速度。
如果目标的速度低于或者等于导弹的爆炸速度，导弹将造成最大伤害（伤害同时还受到上节提到的半径因素影响）。如果目标的速度高于导弹的爆炸速度，伤害将被减少。
换句话说：爆炸速度低的导弹对高速舰船造成的伤害将低于对低速舰船造成的伤害，爆炸速度高的导弹对高速舰船和低速舰船造成伤害一样。因此鱼雷对战列舰这类低速移动的目标将造成巨大伤害，但是对一艘高速护卫舰却无能为力。火箭对护卫舰造成很不错的伤害，对战列舰也造成同样伤害，只不过这种伤害很难穿透战列舰的防护。
爆炸速度：
鱼雷250米/秒（无加成）
巡航导弹500米/秒（无加成）
重型导弹750米/秒（无加成）
轻型导弹1000米/秒（无加成）
火箭2000米/秒（无加成）
导弹的爆炸速度可以通过学习目标导航预测学来提高，也可以用停滞缠绕光束来降低目标的速度。
